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收到违章短信但在12123上查不到的可能原因如下。
1、短信发送出现延迟，交管部门为了及时通知车主相关违章信息，会将此类信息延迟发送，车主可能短时间内无法收到违章信息，但随着时间的推移，车主在交管12123APP内刷新页面时，即可查询到车辆的违章信息。
2、可能是系统出现故障，交管部门每天需要处理大量的业务，偶尔会出现系统延迟或故障的情况，导致收到的短信无法及时显示或查询到相关记录，车主可以耐心等待一段时间，如果仍未查询到记录，可以携带驾驶证和行驶证到交警大队进行查询。
3、异地违章，如果车主在异地发生违章情况，收到的短信只是告知车主有违章行为，但具体的违章记录需要车主到交管部门查询，车主也可以拨打当地交管部门的电话进行查询。
收到违章短信但查询不到的原因可能有多种，建议耐心等待一段时间或联系相关部门查询具体情况，也建议定期查看自己的车辆违章情况，避免不必要的麻烦。